”El Colegio Electoral de Cundinamarca, que estaba congregado, dio a Nariño (28 de junio) un testimonio de confianza, expidiéndole el despacho de Teniente General del Ejército del Estado.
“En el sur los sucesos tomaron peor aspecto. En los primeros días de julio comunicó Nariño al Colegio Electoral las noticias de Popayán, según las cuales las tropas del invasor Sámano se apellidaban fuerzas del Rey, y propuso a la corporación la declaratoria de la independencia absoluta del soberano en cuyo nombre se hacía la guerra a los americanos, a pesar de que se le reconocía hasta entonces. Este paso decisivo, merced a la iniciativa del Precursor, pone su nombre muy alto en nuestros anales patrios.
”Nariño sancionó el célebre decreto y lo mandó publicar por bando, lo que se dio en la tarde del 19 de julio, con gran solemnidad. Al día siguiente, tercer aniversario de la revolución, después de una fiesta religiosa en la Catedral, las corporaciones civiles y eclesiásticas juraron la independencia y las tropas prestaron la promesa en la plaza mayor, ante la bandera tricolor y en medio de salvas de artillería.
”Los aprestos para la defensa del país, amenazado por el sur, se activaban. Al saber Nariño que la provincia de Popayán estaba ocupada por los españoles, ordenó la marcha de tropas hacia Ibagué y La Plata; a Santa Fe llegaron las fuerzas del Socorro; Tunja y Neiva aportaron, también, soldados, y Antioquia preparaba, así mismo, su contingente; las Provincias Unidas suministraron algunos recursos en dinero y el Presidente de Cundinamarca, con autorización del Colegio Electoral, obtuvo un empréstito forzoso para atender a los cuantiosos gastos de la campaña al sur”.
(“Historia de Colombia para la Enseñanza Secundaria” - Escrito por Jesús María Henao y Gerardo Arrubla. Internet: http://books.google.es/books?pg=PA289&lpg=PA290&dq= colom bia%20tratado%20de%20
Nariño cruzó la cordillera por el páramo de Guanacas, derrotó a Juan Sámano, en el Alto Palacé, el 30 de diciembre y ocupó a Popayán.
El 15 de enero de 1814 derrotó las fuerzas españolas en Calibío, permaneció dos meses en Popayán y siguió a Pasto.
Al vadear el Juanambú, derrotó al mariscal de campo Melchor Aymerich y continuó hasta el páramo de Tacines, donde triunfó de nuevo sobre el español.
Al ocupar los ejidos de Pasto, la defección de uno de sus oficiales convirtió la victoria en derrota y Nariño cayó en manos del enemigo, el 12 de mayo.
En Pasto permaneció 13 meses, «encerrado en una pequeñísima pieza, tendido sobre mala cama, cubierto por una ruana, con un par de grillos en las piernas ulceradas, sin un amigo, sin un libro, esperando la muerte».
En junio de 1815, con grillos y cadenas, sería llevado a Guayaquil, de allí al Callao y, vía Cabo de Hornos, a España, donde se le encerraría en una cárcel.