Los diputados que cada provincia había elegido eran dos, uno principal y otro suplente, y la instalación del Congreso fue retardada por la ausencia de la representación de Popayán. La Junta, con el propósito de realizar sus anhelos y para no desaprovechar el tiempo y apresurar la llegada de los diputados de las otras provincias, invitó a los presentes a celebrar sesiones preparatorias, y así se hizo.

El Congreso General del Reino se instaló en Santa Fe, el 22 de diciembre de 1910. La ceremonia se verificó ante el Cabildo, los jefes y oficiales del ejército y el concurso numeroso de personas distinguidas. El Vicepresidente de la Junta, doctor Pey, dirigió a los diputados un corto discurso en el que expresaba que esa fecha, memorable y gloriosa como la del 20 de julio, debía ocupar lugar preferente en los anales de la libertad, bien que anhelaban las provincias, la capital y los amantes de la patria y que, merced a la labor del Congreso, de seguro llegaría a alcanzarse. En seguida tomó juramento por el que se prometía, principalmente, defender la religión católica, sostener los derechos de Fernando VIl contra el usurpador Bonaparte y no reconocer otra autoridad que la depositada en las juntas provinciales y en el Congreso, con exclusión expresa del Consejo de Regencia de España.

El diputado por la provincia de Santa Fe, doctor Manuel Bernardo de Álvarez fue elegido Presidente de la corporación y don Antonio Nariño y el doctor Crisanto Valenzuela, secretarios.

Aquel primer cuerpo soberano, en el que se tenían puestas grandes esperanzas, se instaló con gran regocijo pero los resultados no correspondieron al deseo general. Los debates fueron quiméricos y enojosos y el Congreso se ocupó en decretar para sí privilegios especiales y en disputar con la Junta Suprema: en efecto, él pretendió ejercer el gobierno supremo, dirigir la fuerza pública y centralizar la autoridad, a lo cual se opuso la Junta de la capital. Y entre los delegados sobrevino una gran discordancia de pareceres: el Congreso quiso admitir representantes de algunos lugares que no tenían derecho a enviarlos, por no ser capitales de provincia, lo que dio lugar a enérgicas protestas y al retiro de varios diputados.

El Congreso no pudo impedir la formación de dos bloques de estados provinciales enfrentados: “Cundinamarca” y las “Provincias Unidas de la Nueva Granada”; pero siempre mantuvo, como tarea no ejecutada, la constitución de un gobierno general para toda la parte del reino, que terminaría declarando su independencia de España.

Después de dos meses de labor nada se había hecho y el Congreso se disolvió dejando burlados los anhelos del patriotismo.

Debe notarse que las juntas provinciales de gobierno habían subsistido, no obstante la reunión del Congreso, y con actos de energía contuvieron, de algún modo, la desorganización del país, conservando la unidad de algunas provincias. Así, Cartagena disolvió violentamente la junta de Mompós, y Pamplona sojuzgó a Girón, Tunja a Sogamoso y Honda a Ambalema.