El estado de los negocios públicos parecía no permitir un arreglo fundamental. No obstante el pacto de Santa Rosa, los partidos seguían enconados y los tratos entre Cundinamarca y Tunja no tuvieron un corte definitivo: Nariño era odiado de muerte por los federalistas, y los centralistas no cejaban en su aversión al federalismo; unos y otros se temían, se vigilaban y, en la exaltación de su celo, cada uno quería la anulación del otro.
En tan críticos momentos, Nariño presentó renuncia irrevocable de la Presidencia, fundándose en la necesidad de su separación del mando para consolidar la paz.
Admitida la renuncia por el Senado, en agosto, entró a ejercer el Poder Ejecutivo el primer Consejero de Estado, don Manuel Benito de Castro, llamado por sus contemporáneos el Padre Manuel, porque había sido novicio de los jesuitas.
8.-”El Presidente Castro recibió de Tunja una intimación de Baraya, en lenguaje descomedido e insultante para el gobierno y el pueblo de Santa Fe. Decía que en Santa Fe «se hablaba con descaro del reconocimiento de los gobiernos de España»; ofrecía sus tropas contra los supuestos facciosos y revolucionarios de la capital y manifestaba que, inspirado por el deseo de conservar el honor y decoro del gobierno de Cundinamarca, pensaba marchar con su ejército sobre Santa Fe.
“Castro contestó con dignidad manifestando que no había necesidad de que viniese Baraya con sus tropas.
”El procedimiento de Baraya trajo de nuevo, a Nariño, al gobierno: al día siguiente (septiembre 12), reunida parte de los miembros de la representación nacional, se resolvió que Nariño ejerciera la Presidencia, investido de la dictadura; Nzariñoprestó el juramento requerido y comenzó el gobierno absoluto.
”Por fin los diputados residentes en Ibagué que, después del tratado de Santa Rosa, habían sido invitados por Nariño instalar el Congreso de las Provincias Unidas de la Nueva Granada, resolvieron irse a la Villa de Leiva con tal objeto. El Congreso quedó instalado en la mañana del 4 de octubre, con la concurrencia de los diputados que representaban las provincias de Antioquia, Casanare, Cartagena, Cundinamarca, Pamplona, Popayán y Tunja. Resultó electo Presidente del cuerpo soberano, don Camilo Torres; Vicepresidente, el Canónigo doctor luan Marimón y Secretario, el doctor Crisanto Valenzuela. El Poder Ejecutivo Federal lo ejercería el Presidente del Congreso.
”Muy en breve comenzaron los choques entre el Presidente Nariño y el Congreso. Principió éste por declarar que la forma del gobierno de Cundinamarca era contraria al pacto de unión federal, porque no estaban divididos los poderes, e intimaba a Nariño para que volviese al gobierno representativo.
”El presidente de Cundinamarca reunió en la capital (22 de octubre) una asamblea compuesta de las autoridades civiles, eclesiásticas y militares y de padres de familia, con el fin de hacerle conocer la intimación del Congreso. Impuesta de todo lo ocurrido, acordó la junta confirmar a Nariño en el poder absoluto, desconocer las órdenes del cuerpo soberano y declarar que Cundinamarca no formaría parte de las Provincias Unidas.