GUERRA DE LOS MIL DÍAS - 1899

Fue resultado de la división interna tanto del partido liberal como del conservador, y del rechazo liberal a las normas autoritarias de la Constitución de 1886. Un sector de los liberales buscó recuperar el poder, con la tolerancia de los conservadores, quienes veían en esta guerra civil una forma de librarse de los liberales y de unificar el conservatismo, al concentrase en defensa del poder legítimo. 

En el año 1897, cuando se barajaban los nombres de los candidatos conservadores para suceder al vicepresidente Miguel Antonio Caro, surgieron varios nombres, entre ellos, los del general Marceliano Vélez, el señor Antonio Roldán y el general Rafael Reyes. 
Caro, quien se encontraba inhabilitado para la presidencia, pero aspiraba a consolidar su proyecto político inspirado en la Constitución del 86, buscó una formula que le permitiera continuar influyendo en los destinos del país. Con este propósito, impulsó la candidatura presidencial de Manuel Antonio Sanclemente y la de José Manuel Marroquín para la Vicepresidencia, nombres que garantizaban la continuidad de los nacionalistas en el poder.
El liberalismo apoyó el nombre de Miguel Samper para la Presidencia y el del general Foción Soto para la Vicepresidencia. 
Los conservadores históricos coincidían con los liberales pacifistas en la necesidad urgente de introducir reformas políticas y fiscales. 
En el otro extremo, los liberales belicistas estaban atentos al desarrollo de los acontecimientos políticos, sin abandonar sus preparativos para la guerra. 
Finalmente, el triunfo fue para los nacionalistas y, como de costumbre, se acusó al gobierno de recurrir al fraude electoral.
Por dificultades de salud, el presidente, de 84 años, no se posesionó, asumiendo el poder el vicepresidente Marroquín. Este administró el gobierno durante algunas semanas con una actitud conciliatoria hacia sus opositores, introduciendo algunas de las reformas políticas que venían impulsando los históricos y los liberales pacifistas. 
Ante esta situación, los nacionalistas reclamaron urgentemente la presencia del presidente Sanclemente, quien asumió el poder el 3 de noviembre de 1898. 
De esta forma, se puso fin a los ochenta días de la administración Marroquín, lo cual significó, además de una frustración para los sectores reformistas, un endurecimiento de la situación política. 
Por su avanzada edad, el presidente se vio precisado a trasladar su residencia y parte del gobierno, de Bogotá, a zonas más  propicias para su estado de salud; inicialmente se trasladó a Anapoima, posteriormente a Tena y definitivamente se estableció en Villeta. Todos estos factores fueron aprovechados por la oposición y sus enemigos políticos.
A la inestabilidad política se sumó la recesión ocasionada por la caída de las exportaciones y los precios internacionales del café, que incidió en las importaciones, afectando los ingresos de aduana. 
De esta forma, el gobierno debió enfrentar una grave crisis fiscal que procuró atender reduciendo el número de efectivos del ejército, para lo cual licenció, en junio, antes del comienzo de la guerra civil, unos mil hombres. 
El 12 de febrero, los jefes liberales expidieron en Bucaramanga la declaración que daría inicio formal a la Guerra de los Mil Días: "Los suscritos liberales, convencidos de que el restablecimiento de la república no se obtendrá sino por medio de la guerra, prometemos solemnemente levantarnos en armas contra el gobierno actual, en la fecha exacta que fije el director del partido en Santander, y obedeceremos las instrucciones precisas que dicho director nos comunique"
Este documento, firmado por el jefe liberal en Santander, Paulo Emilio Villar y por José María Ruiz, Rafael Uribe Uribe y otros, protocolizaba dos enormes problemas: el primero, la honda división entre los jefes liberales en torno a la guerra; el segundo, la condición muy vulnerable del liberalismo que sobreestimaba sus fuerzas y subestimaba las del régimen conservador.
Luego del pronunciamiento liberal de Bucaramanga, el gobierno hizo rápido acopio de recursos y reclutamiento de fuerzas, y dentro del cuerpo de policía conformó un "servicio de inteligencia" bajo la dirección de Aristides Fernández, muy conocido por sus desmanes contra las personas y los bienes de los opositores al régimen.