En agosto de 1899, los dirigentes históricos retiraron el apoyo de los conservadores al gobierno nacionalista, señalando tanto a la pasada administración de Miguel Antonio Caro, como a la de Sanclemente, del descalabro fiscal y económico del país y de la crisis política. 

De otra parte, los liberales pacifistas perdieron espacio frente a los belicistas, que captaron gran parte de la adhesión de sus correligionarios.

Sin embargo, cada facción estaba tan empeñada en sus razones políticas que no era fácil encontrar una salida distinta a la guerra. 

En esta circunstancia, y luego de que varios jefes liberales, inclusive algunos considerados ‘belicistas’, advirtieron que era preferible buscar un tiempo para recomponer las fuerzas y preparar los combates, los liberales de Santander rompieron fuegos. "El 17 de octubre de 1899 a la media noche, el general Juan Francisco Gómez Pinzón, por orden del doctor Villar, en su hacienda ‘La Peña’, a inmediaciones de El Socorro, dio el primer grito. 

Ocupada la ciudad por esa tropa bisoña y mal armada, el general Gómez marchó en dirección a San Gil, y a la mitad del camino puso en derrota al capitán Sanmiguel, jefe gobiernista. Este fue el primer combate y el primer triunfo de los revolucionarios liberales. 

El general Justo L. Durán se pronunció en Cáchira, ‘el pueblo más conservador de Santander’, el 19, con 25 fusiles y 500 tiros. 

La perspicacia del general Durán le llevó a las rápidas victorias liberales en Río de Oro, Ocaña, La Cruz, Cachirí y Arboledas, con lo que su ejército pudo crecer, logró imponer a los conservadores de la provincia de Ocaña un Tratado de Rendición y llegó a controlar el territorio, desde Matanza (a 7 leguas al norte de Bucaramanga), hasta el mar. 

El gobierno se vio fortalecido en su posición por el apoyo de los nacionalistas y de gran parte de las masas del partido conservador; y también recibió el apoyo de algunas figuras importantes de los históricos, los cuales elaboraron un manifiesto enviado al gobierno el 11 de noviembre, a los pocos días de iniciada la guerra. 

Este respaldo le permitió a los históricos ir ganando puestos al interior del gobierno y del ejército. 

Los ejércitos de Santander y Boyacá, con el objeto de tomar la importante plaza de Bucaramanga, por iniciativa del general Villar, proclamaron como su comandante en jefe al general Uribe Uribe quien, "Sabedor de que gran parte de las fuerzas del Gobierno ocupaban a Piedecuesta, marchó sobre dicha plaza para sorprenderla durante la noche", "pero el enemigo la evacuó desde temprano"; y "siguiendo los pasos del enemigo, marchó sobre Bucaramanga...” 

El fuego comenzó a las 5 a.m.  El combate se libró en las calles de Bucaramanga, espantoso y encarnizado, se sostuvo durante los días 12, 13, y aún parte del 14. Y en tanto que el comandante en jefe de aquel Ejército abandonaba el campo de batalla, sin proveer o un ataque o una retirada organizada,  los soldados, faltos de dirección, se sacrificaban por centenares inútilmente“. 

A la derrota de Bucaramanga se agregó la desventura ocurrida cerca de Gamarra, en el punto de Los Obispos: una batalla fluvial desastrosa que costó medio millar de bajas al liberalismo en armas y que habría de pesar enormemente sobre las espaldas de la revolución.

Posteriormente, en Cúcuta, se reunieron los tres ejércitos, el del Norte, al mando del general Benjamín Herrera; el de Ocaña, con la comandancia del general Durán y el de Bucaramanga, a las órdenes del general Uribe, para buscar salida al Magdalena.

 Uribe buscaba asumir el mando supremo de los tres ejércitos, pero la oposición del general Herrera, quien hizo fuertes recriminaciones a Uribe por su conducta en la batalla de Bucaramanga, se lo impidió.

Ante el reagrupamiento de los tres ejércitos liberales, el gobierno ordenó una movilización general de fuerzas para cercarlos y organizó un ejército de algo más de 8.000 soldados, 

A Cúcuta se desplazó la plana mayor de los generales de la regeneración: Manuel Casabianca, Jorge Holguín, Enrique Arboleda, Carlos Cuervo Márquez y Próspero Pinzón; el mando supremo fue asumido en Chiquinquirá por el general Isaías Luján.