Por parte de  los revolucionarios, el general Herrera tenía 1.500 hombres con fusiles Remington, el general Durán, 700, casi todos de machete, y un cuerpo de artillería con cañones fabricados con tubos del acueducto, y el general Soler, al mando de los restos de la desventura de Bucaramanga, era la fuerza de reserva, equipada con escopetas y lanzas. Las fuerzas insurgentes llegaban a 3.500 hombres.

 

Las fuerzas de la revolución atravesaban el cerro de Tasajero, el 15 de diciembre, y ya habían cruzado el río Zulia, para tomar rumbo hacia Chane cuando, casi en las orillas del río Peralonso, los fusileros del general Villamizar, tras un cercado de piedra, iniciaron el ataque contra las fuerzas de Herrera, disputándose el control del puente de La Laja por varias horas. 

 

El 16 de Diciembre, hacia las 4 de la tarde, el general Uribe, con 10 voluntarios, se atrevió a pasar el puente, en medio de las descargas de la fusilería enemiga que fue tomada por sorpresa y rodeada por los fusileros de Herrera comandados por Durán, cayendo atrapada en la pinza preparada por el ejército revolucionario, con todo y oficiales y armas y pertrechos. 

 

El pánico se extendió sobre las huestes gubernamentales que huían en desbandada, dejando atrás armas, víveres, parque y hasta dinero. Cerca de 1.800 fusiles fueron tomados en esa ocasión. 

El 24 de diciembre, entró triunfal a Pamplona la vanguardia del ejército liberal, con Uribe Uribe y Justo L. Durán a la cabeza; el 25 llegó el ejército del general Gabriel Vargas Santos, y el 26 llegó a la ciudad Benjamín Herrera, seguido de su ejército, y aclamado como el forjador de Peralonso. 

 

Con la victoria de Peralonso los liberales se armaron, elevaron su moral y crecieron hasta sumar 10.000 hombres, pero, en lugar de avanzar, retrocedieron de nuevo a Cúcuta.

 

Allí, con el pretexto de esperar un armamento del exterior, la fuerza liberal se aletargó y se descompuso en una inacción que le duró hasta abril de 1900, cuando decidió moverse al interior para enfrentar un renovado ejército legitimista, al mando del General Próspero Pinzón.

 

Las fuerza chocaron el la cordillera de Canta, en inmediaciones de Bucaramanga y Lebrija, para dar inicio  a la más prolongada y sangrienta batalla de toda la guerra: la de Palonegro. 

 

En Palonegro se enfrentaron los ejércitos liberales y conservadores en una batalla que duró 15 días consecutivos y en la que lucharon 8 mil soldados del ejército liberal y 18 mil del ejército del gobierno. 

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Triunfaron las fuerzas del gobierno de Sanclemente, comandadas por el general Próspero Pinzón. 

 

Las pérdidas fueron 2000 muertos y heridos en las fuerzas revolucionarias y 1600 bajas en las fuerzas del gobierno. Los vencidos se retiraron por la temible trocha de Torcoroma, rumbo a Ocaña, pereciendo muchos en el trayecto.

 

Este combate ha sido el más sangriento en la historia nacional. 

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Con la derrota de Palonegro, la fuerza principal del liberalismo se desvaneció y la guerra entró en una fase donde las guerrillas se convirtieron en su principal recurso táctico.

 

Aunque el liberalismo siguió intentando constituir fuerzas regulares, estas no pasaron de ser un remedo de lo que debería ser un ejército.

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Los desafueros de la guerra alarmaron a algunos sectores de la élite, que empezaron a contemplar posibles salidas de carácter extralegal para poner fin a la confrontación. 

 

La fórmula principal consistía en buscar el retorno del vicepresidente, quien durante su breve gobierno había demostrado ser más proclive a las reformas y muy seguramente a pactar la paz. 

 

A mediados del año de 1900, se iniciaron conversaciones, primero con Marroquín, para ofrecerle el gobierno, lo cual aceptó, facilitando la viabilidad del golpe y, después, con el más importante dirigente liberal pacifista, Aquileo Parra, con quien se llegó a acuerdos para detener la guerra y firmar un generoso proceso de paz, y para impulsar reformas políticas con la participación de los liberales.