Las consecuencias de las guerras civiles fueron las siguientes:

Millares de jóvenes murieron en combate,  o queda-ron heridos o lisiados y en incapacidad de prestar su esfuerzo en las labores intelectuales, agrícolas y mineras que necesitaba urgentemente el país. 

Quedaron aniquilados muchos hogares y riquezas, justamente cuando la República hubiese podido recobrarse de los gastos y compromisos pendientes como cosecuencia de la Emancipación y de las campañas libertadoras. 

Cada guerra civil creaba nuevos odios que irían a producir después otra distinta. 

El descaecimiento del crédito exterior. 

El debilitamientocde los vínculos nacionales entre las secciones del país, hasta poner en peligro de la integridad nacional. 

La ruina fiscal que produjo el régimen del papel moneda adoptado tras las guerras. Empobrecimiento del país.

El estancamiento del progreso.

La formación de una actitud política intolerante fomentada por los dos principales partidos políticos (Liberal y Conservador), que derivó, en el siglo XX, en otras guerras partidistas, la de 1930 y la de 1948, denominadas eufemísticamente la Pequeña violencia y La Violencia.

La Separación de Panamá, de Colombia.