Los vencidos se refugiaron en Manizales, donde la noticia había producido pánico general. Para preparar un nuevo ejército, llegó a la ciudad el
general Marceliano Vélez, con el objetivo de fortificarse y preparar una nueva invasión al Estado del Cauca.
Mientras tanto, el general Julián Trujillo marchaba desde el Cauca hasta Manizales y se situó en Villamaría. Desde el Tolima, otro ejército, dirigido por el general Santos Acosta,
amenazaba a Manizales.
Trujillo se fortaleció en los puntos claves que rodean a Manizales: El Tablazo, La Manuelita, Alto de la Pava, La Cabaña, El Rosario, Morrogacho
y el Arenillo.
El general Marceliano Vélez abandonó la ciudad, lo que fue aprovechado por el general Julián Trujillo para estrechar su cerco sobre Manizales.
El 5 de abril de 1877, las tropas del general Trujillo se tomaron a Manizales, después de una serie de combates en los alrededores. De este modo, la ciudad fue rendida y se firmó la
capitulación del Alto de San Antonio (abril 6) poniendo término a la guerra, cuyo resultado fue el triunfo de las fuerzas comandadas por el general Trujillo y del gobierno radical del presidente
Aquileo Parra.
Finalmente, los revolucionarios alcanzaron a sufrir otra derrota en la Donjuana, en el centro de la República.
Terminada la guerra, el Congreso, que en ese momento estaba compuesto exclusivamente por liberales (tanto nuñistas como parristas), resolvió tomar medidas contra el clero, por su
participación activa durante la guerra.
Mediante la ley 37, de marzo de 1877, fueron desterrados por un período de diez años y privados perpetuamente de sus funciones episcopales, los obispos del Cauca (Popayán y Pasto) y
Antioquia (Santa Fe de Antioquia y Medellín). La ley 8 suprimió el pago de la renta nominal eclesiástica (compensación por la desamortización) y la ley 35 instauró nuevamente la inspección de
cultos que imponía restricciones a la predicación y a la libertad de expresión.