De allí en adelante, el alzamiento se fue exten-diendo a casi todos los Estados de la "Unión", aunque con resultados adversos a su causa. 
    Los radicales estaban comandados por los gene--rales Gabriel Vargas Santos, Ricardo Gaitán Obeso y Daniel Hernández; y los conservadores, por los generales Marceliano Vélez, Leonardo Canal, Manuel Briceño, Rafael Reyes y otros, aprobados por los liberales independientes. 
    Los combates más importantes fueron los del Río Sonso, Santa Bárbara de Cartago, Cartagena, La Humareda y El Salado. La guerra se generalizó en los estados de Boyacá, Santander, Antioquia, Cauca, la Costa Atlántica, Panamá, Tolima, Cundinamarca y otras regiones. 
    En el Tolima, los revolucionarios cayeron vencidos en "Cachoya", y en "Los Cogotes", dos leguas al sur de Neiva, por el general conservador Manuel Casabianca.  
   En el Estado del Cauca, el general Eliseo Payan, adicto y leal a la causa de Núñez, y Presidente del mismo Estado, les propinó una gran derrota a los revolucionarios, en la batalla librada en Santa Bárbara de Cartago (febrero 23/85).  
    Mientras tanto, los promotores de la revuelta, los santandereanos, faltos de pertrechos, porque el parque de que esperaban apoderarse en Tunja se les escapó de las manos, terminaron por disgregarse sin que ninguna acción bélica decidiera a fondo la situación de su Estado.  
    El general Salgar se dirigió a Venezuela, por la vía del Meta, y su rival, el general Solón Wilches, se fue por el Magdalena, con todo su estado mayor - Foción Soto, Vargas Santos, Sergio Camargo - para incorporarse al ejército de Gaitán Obeso, que se empeñaba en sitiar a Cartagena, patria del Regenerador, y cuya toma y rendición se estimaba como el símbolo de la venganza contra éste. 
    Los días 7 y 8 de junio de 1885, los revolucionarios fracasaron en su último, sangriento y temerario asalto a las murallas de Cartagena y el 17 de junio siguiente, se produjo su pírrica victoria en la batalla fluvial de La Humareda, en la que sus pérdidas fueron tan grandes que les resultó imposible continuar las operaciones.  
    El propio jefe de la rebelión murió en esa terrible carnicería. Su secretario, José María Vargas Vila, huyó a los Llanos del Casanare, donde el general Gabriel Vargas Santos le ofreció hospitalidad y refugio. Allí escribió su obra "Pinceladas sobre la última revolución de Colombia”. 
     Con esta acción, terminó la guerra civil de 1885.El Presidente Núñez declaró que la Constitución de 1863 había dejado de existir, y el país empezó a reorganizarse sobre nuevas bases. 
    "La nación colombiana, dijo la nueva Constitución en sus artículos primero y segundo, se reconstituye en forma de República unitaria. La soberanía reside esencial y exclusivamente en la Nación y de ella emanan los poderes públicos, que se ejercerán en los términos que esta Constitución establece".