· (usando como pretexto la fuga y la persecución sangrienta de los prisioneros federalistas que se hallaban en el Colegio del Rosario, hoy Universidad del Rosario, y la muerte del general Obando en el sitio El Rosal), pena que fue conmutada por presidio en Bocahica, gracias a la intervención del arzobispo Alcántara de Herrán y su hermano Pedro.
El 18 de julio de 1861 Mosquera y sus hombres entraron en la capital. Un día después de la toma de Bogotá, Mosquera hizo fusilar a Plácido Morales, Andrés Aguilar y Ambrosio Hernández, y tomó prisioneros al presidente, a su hermano Pastor y a Bartolomé Calvo.
El 20 de julio, Mosquera dictó el decreto de Tuición de Cultos, que subordinaba las autoridades eclesiásticas al gobierno civil y luego expulsó a los jesuitas, por su abierto apoyo a los conservadores. El 9 de septiembre dictó el decreto sobre “Desamortización de Bienes de Manos Muertas”, en virtud del cual, muchos de los bienes eclesiásticos fueron vendidos en subasta pública.
El 3 de noviembre redujo a prisión al arzobispo Herrán y el 5 decretó la extinción de las comunidades religiosas que no aceptaran la tuición y la desamortización.
El gobierno provisional, en manos de Mosquera, creó el Estado Soberano del Tolima (12 de abril de ese año), erigió a Bogotá como Distrito Federal, solicitud que se venía planteando hacía más de diez año. Desde entonces, la ciudad sería la sede del gobierno central.
· La guerra continuó en varios estados del país: en el sur del Tolima las guerrillas comandadas por Pedro Rivera y en el norte la guerrilla de Los Juanchos comandados por Juan Nepomuceno Lozano no daban tregua al gobierno liberal; desde Guasca, las guerrillas conservadoras se trasladaban continuamente a hostigar a Bogotá; en Santander las tropas del presidente de ese estado, general Leonardo Canal, seguían alzadas en armas, y lo mismo sucedía en Antioquia, con Braulio Henao y en el Cauca, con Julio Arboleda.
Meses antes Arboleda había apoyado al gobierno en el Estado Soberano del Magdalena y, al ser sitiado por los liberales, en Santa Marta, logró escapar en un buque llevando rehenes a Panamá, donde los fusiló. Pasó a Popayán donde montó un patíbulo y fusiló a muchos rebeldes dominando, así, el Estado del Cauca (agosto de 1861).
El general Henao se trasladó de Antioquia a Cartago, con sus tropas, y en el sitio El Roble se entrevistó con Arboleda, quien había sido nombrado comandante de las fuerzas de Antioquia y Cauca y gobernador del Estado del Cauca. Juan José Nieto, presidente de Bolívar, envió tropas a Antioquia, derrotando a las fuerzas conservadoras en Santo Domingo por lo que el general Henao salió precipitadamente de Cartago y lo derrotó. A su regreso al Cauca, vence al general Eliseo Payán, en La Honda.
Arboleda venció en Los Árboles, cerca de Popayán a los revolucionarios y envió a Joaquín María Córdoba, al mando de 1.500 hombres, a reforzar a Rivera, en el Tolima, pero fue derrotado por un destacamento de trescientos indios de Tierradentro, comandados por el coronel Avelino Rosas. Al conocer este hecho, Arboleda se retiró a Cali, regresó a Popayán y se instaló en un sitio conocido como Antonmoreno. El general Henao llegó a Cali donde fue vencido por Payán, en Las Hojas, quedando prisionero. Arboleda, al conocer de este hecho, fue a Cali y en El Cabuyal derrotó a Payán, lo puso preso y liberó a Henao, regresando a su cuartel en Antonmoreno.
Salió luego para la frontera con Ecuador y, en Tulcán, derrotó a las fuerzas del nuevo presidente Gabriel García Moreno, quién pedía una explicación por la invasión de las tropas de Arboleda durante la persecución de liberales refugiados en Ecuador. Arboleda obligó a García Moreno a firmar un tratado de paz y, cuando regresaba, fue asesinado en las montañas de Berruecos.
En febrero de 1862, el general Canal derrotó a Mosquera en el puente de Boyacá y marchó a Bogotá. En el convento de San Agustín, el general Valerio Francisco Barriga, durante dos días, se defendió heroicamente, obligando a Canal a continuar su marcha a Cartago (marzo) siendo perseguido por Mosquera.
El 18 de septiembre tuvo lugar en Cartago, en el sitio conocido como Santa Bárbara, la batalla más importante de esta guerra, donde se enfrentaron las tropas conservadoras antioqueñas al mando del gobernador, general Rafael Giraldo, contra las liberales del general Santos Gutiérrez. Después de muchas horas de combate y de la pérdida de más de cuatrocientos hombres, entre ellos el general Giraldo, y un número similar de heridos, el Estado Soberano de Antioquia se rindió ante el gobierno central.
Mosquera se encaminó a Antioquia y asumió el gobierno de ese Estado, convocando una convención, la cual se instaló el 4 de febrero de 1863, en Rionegro, y en ella se le dio al país el nombre de Estados Unidos de Colombia (1863-1886). Los 61 delegados a la convención eran todos liberales y para presidirla se eligió a Francisco J. Zaldúa, por 27 votos a favor contra 22 de Mosquera.