· Mientras tanto, Ospina salió para Santander con cuatro mil soldados al mando del general Pedro Alcántara Herrán, quien había dejado su cargo diplomático en Washington para defender su gobierno, pero el presidente lo sustituye por Julio Arboleda, por tener éste vínculo familiar con el líder rebelde.
· El gobernador del Estado Soberano de Antioquia, Rafael María Giraldo organizó la tercera división del Ejército de la Confederación ordenada por el gobierno central para hacerle frente a Mosquera, nombrando como jefe al general Braulio Henao y a Posada Gutiérrez como comandante general.
Después del triunfo del general Mosquera en el combate de Las Guacas, llegó a la Aldea de María (Villamaría), e intentó un acuerdo de paz con Henao y Posada, pero estos se mostraron intransigentes ante la certeza del triunfo debido a lo bien fortificada que estaba Manizales, pues habían ubicado gran cantidad de soldados y cañones en sitios claves de la ciudad como en el alto de Chipre y en Olivares en la salida para Neira.
Mosquera entró por sorpresa la noche del 28 de agosto, presentándose un combate de más de ocho horas. En el sitio conocido como El Observatorio (actual barrio Chipre) Mosquera fue derrotado y obligado a retroceder a la Aldea de María, viéndose obligado a llegar a un acuerdo.
Al día siguiente secelebró un convenio llamado "la esponsión de Manizales", por el cua Mosqueral se comprometía a retirarse al Cauca, desarmar su ejército y entregar sus armas, mediante ciertas garantías que debería otorgarle el gobierno de la Confederación, como amnistía general a los rebeldes y el anulación del decreto de desmembración del Estado del Cauc. Sin embargo, el presidente Ospina Rodríguez no aprobó expresamente ese arreglo (porque contaba con un ejército bien armado y disciplinado de 6.000 hombres) y el jefe revolucionario aprovecho la tregua para mejorar su posición y preparase para atacar la capital.
· En 1861 Mosquera llegó a Popayán, reorganizó sus tropas y en el sitio conocido como Segovia (La Plata, Huila), derrotó a las fuerzas del gobierno al mando del general Joaquín París. En Neiva se le une José Hilario López y obtienen sucesivos triunfos siendo el más importante el de La Barrigona, cerca al puerto de Beltrán (Cundinamarca).[4] Al día siguiente[6] Mosquera le propone al general Pedro Gutiérrez Lee, gobernador de Cundinamarca, una suspensión de hostilidades por seis días conocido como el Armisticio de Chaguaní. La renuncia del presidente considerada en este armisticio no fue aceptada.[4]
· Tras esto el líder liberal reorganizó sus fuerzas, avanzó por La Vega a la sabana de Bogotá y en Subachoque, en el cerro de Santa Bárbara, llamado por la tropa Campo Amelia, en honor a la hija de Mosquera, se enfrentó con 2.500 hombres al general Joaquín París, quién estaba al mando de 5.000 soldados. Después de un día de intenso y sangriento combate y de quedar más de mil muertos en el campo de batalla, el general París fue derrotado. Se acordó una nueva tregua con el pretexto de enterrar a los muertos y durante ella, el 29 de marzo, en el puente de tierra del alto del Rosal, muerió lanceado el general Obando, quien llegaba procedente del sur a reforzar a Mosquera.
Mosquera se reunió en Subachoque con el general Santos Gutiérrez, que venía de derrotar las fuerzas gobiernistas en el sitio de Hormezaque, cerca de Socha (Boyacá). Acamparonn en Serrezuela y ubicaronhn tropas en Cuatro Esquinas (Mosquera) para bloquear a Bogotá por el suroccidente. Otras unidades se dirigieronjn a Torca, norte de Bogotá, y desde allí enviaronn tropas al Puente del Común, quedando sitiada la capital.
Las tropas del gobierno, al mando del general Ramón Espina, se instalaron en el norte de Bogotá, en el sitio conocido como El Papayo, hoy La Cita, retrocedieron a Usaquén y, como consideraban que podían ser atacadas desde La Calera, se movieron hacia la hacienda El Chicó. En la hacienda Santa Ana, situada entre los dos campamentos, los gobiernistas, al mando del coronel Escallón, tendieron una emboscada a las tropas de Mosquera, causándole más de cincuenta bajas entre muertos, heridos y presos.
Desde El Chicó salió Espina a atacar a Mosquera que se encontraba acampando en la hacienda Santa Bárbara, pero fue derrotado por las tropas conjuntas de este y Santos Acosta causándole más de doscientos muertos. Espina pidió una tregua para enterrar a los muertos pero le fue negada por Mosquera.
Mosquera acampó con sus tropas en el río Arzobispo y dio la orden de atacar los reductos de tropas gobiernistas que se encontraban en Monserrate, San Diego, San Victorino y Las Cruces, los cuales fueron derrotados, después de feroz combate, con gran pérdida de vidas por ambos bandos.
El pánico se apoderó de Bogotá. El presidente Ospina Rodríguez y su hermano Pastor huyeron a Antioquia, por el camino de La Mesa, pero fueron perseguidos y al cabo de un largo día de lucha cayeron presos en la hacienda El Tigre. Llevados ante Mosquera, fueron condenados a muerte